Pärast paranemist saabus ta tagasi Tallinna, kus jätkas sõdurikohuste täitmist Kooliõpilaste pataljonis, samuti õpinguid koolis. 1921 lõpetas Ain-Erwin Mere Tallinna II Reaalkooli ja astus samal aastal Sõjaväe Tehnikakooli. Lennukooli asutamisel läks ta sinna üle. Ta oli ka üks, selle õppeasutuse, esimeseid lõpetajaid ja oli ka esimene iseseisvas Eestis korraldatud lennuvõistluse võitjaid. Vabadussõjas saadud raske peahaava tõttu, pidi Ain-Erwin Mere loobuma aktiivsest lenduri-kutsest. Ta asus täitma lennurügemendis eriülesandeid , siirdus sealt Kõrgemasse Sõjakooli ja selle lõpetamisel määrati Sõjavägede Staapi. Äramärkimist väärib, kindlasti, see, et Kõrgema Sõjakooli lõpetamisel tunnistatti Ain-Erwin Mere diplomitöö kursuse parimaks.
Eesti okupeerimisel N.Liidu vägede poolt 1940 ja eesti regulaararmee hajutamisel ja selle üksuste liitmisel punaväega määrati Ain-Erwin Mere punase Eesti laskurkorpuse ühe üksuse staabiülemaks. Sõja puhkedes 1941 läks Ain-Erwin Mere Porhovi rindelõigus sakslaste poole üle, võttes kaasa kogu staabi kirjavahetuse ja kaardimateriali. Tema poolt kaasatoodud kaardid põhjustasid punaste lennuväele raskeid kaotusi, kuna sakslaste Luftwaffe ründas kaasatoodud kaartide baasil Tuleblja lennuvälja, mille olemasolust neil enne aimugi polnud. Luftwaffe rünnaku tulemusel hävis üle 60 punaarmee lennuki. Sellest peale jäi Ain-Erwin Mere saksa armeesse, kes ta komandeerisid Tallinna, kus asus juhtima Eesti Julgeolekupolitseid.
Kuna Merede perekonnas kõneldi mitut võõrkeelt valdas Ain-Erwin Mere hästi nii saksa kui ka vene keelt. 1943.aastal siirdus Ain-Erwin Mere Eesti Leegionisse, kus määrati, siis juba ümber nimetatud Eesti Brigaadi 45.rügemendi I pataljoni ülemaks. Juhtis edukalt oma üksust Rossino, nn partisanide vabariigi, purustamisel. Samuti, hiljem, Neveli rindel.
1944.a. veebruaris Narva rindele siirdudes määrati Ain-Erwin Mere 46.rügemendi II pataljoni ülemaks. Mille ülemana viis edukalt, ja punaarmeele suuri kaotusi põhjustanuna, läbi 24.veebruaril punaste valduses oleva Riigiküla sillapea hävitamise.
1944.a. suvel määrati, vahepeal SS-Obersturmbannführeriks ülendatud Ain-Erwin Mere Eesti väeosade kindral-inspektorile, SS-Brigadeführer Johannes Soodlale, aluvasse Sõjaväe Ringkondade Peastaapi, staabiülemaks. Kindral-inspektori käsul evakueeriti Sõjaväe Ringkondade peastaap, kogu koosseisuga, septembris 1944 Saksamaale, kus see asutus tegutses edasi Ersatzkommando nime all. Pärast Saksamaa kapitulatsiooni 1945.a. langes Ain-Erwin Mere, nagu teisedki eestlaed, sõjavangi. Viibis mõnda aega Uklei vangilaagris, kuskohast vabanedes sai DP staatuse. Siirdus 1947.a. Inglismaale, kus kuni surmani töötas Leicesteris, ühes kohalikus tekstiilitööstuses. Võttis Inglismaal elatud aastate kestel innikalt osa eestlaste seltskondlikust tegevusest, olles aastaid ka Inglismaa Eestlaste Ühingu juhatuse liige. Oli surmani ka korp! Sakala Inglismaa koondise esimeheks.
1960.a. tehti Ain-Erwin Merele kurguvähi kõrvaldamise operatsioon, mille tulemusena kaotas normaalse kõnelemisvõime.
Ain-Erwin Mere suri 05.04.1969 kopsupõletiku tagajärjel.
Lahingutegevuses osutatud juhtimisvõime ja julguse tähistamiseks on teda autasustatud I ja II klassi Raudristidega.
Pärast tema surma lahkus tema abikaasa, koos tütar Ainoga, Inglismaalt, Leicesterist. Uueks elupaigaks sai USA, kus nad elavad Lakewoodis, New Jerseys.
 est.svg){kind=small}
